Brisbyné négy kicsi egér gyermekével él egy szántóföld közelében. Úgy dönt, elköltözik a tavaszi aratás előtt, ám egyik kicsinye, Timothy, megbetegszik. Nem mer így a család nekivágni az utazásnak, ám a gépek sajnos már megkezdték a munkálatokat. Szerencsére sikerül egy kis időt nyerni, így az öreg bagoly tanácsára, az asszony a patkányokhoz fordul segítségért. Néhai férje jó barátságban állt velük, így természetesen segítenek neki. Itt találkozik Nikodémusszal, akinek már támadt is egy ötlete.
A patkányok modern technikákat használnak, így nem lesz nagy gond a Brisby családot elköltöztetni. Sajnos azonban akad néhány rosszakaró, akik megpróbálják szabotálni az akciót. Brisbyné bátorságára is szükség lesz, mivel a gonosz macskát csakis ő tudja hatástalanítani, apró termetének köszönhetően.
A NIMH titka teljes mesefilm,
